ปัญหาสำคัญที่เป็นธรรมชาติของโครงการที่มีขนาดใหญ่ คือความไม่แน่นอนของต้นทุนและผลตอบแทน โครงการขนาดใหญ่มีโอกาสสูงที่งบจะบานปลายและรายได้ต่ำกว่าคาด เพราะโครงการขนาดใหญ่มีความซับซ้อนมาก ทำให้ประมาณต้นทุนและผลตอบแทนให้แม่นยำได้ยาก ซึ่ง Mega-Project ของไทยมีความเสี่ยงจะเกิดความผิดพลาดในการประเมินต้นทุนและผลตอบแทนเช่นกัน 

ปัญหาของโครงการมักจะแสดงให้เห็นในช่วงปีท้าย ๆ ของโครงการ หากมีความผิดพลาดของการประเมินต้นทุน 45% ดังที่เกิดขึ้นทั่วโลก หมายความว่า รัฐจะต้องหาเงินจำนวน 6.75 แสนล้านเพิ่มขึ้น มากกว่าครึ่งของงบประมาณแผ่นดิน จากงบประมาณเดิม 1.5 ล้านล้านบาท ทำให้รัฐจะมีภาระทางการเงินสูงถึง 2.175 ล้านล้าน (1.5+ 0.675 ล้านล้าน) ในช่วง 4 ปี  โดยยังไม่มีรายได้จากโครงการทำให้อาจจะต้องชะลอโครงการ หรือ ลดขนาดโครงการลง

โครงการ Mega-Project เป็นการลงทุนครั้งเดียวหลายโครงการมาก ในช่วงระยะเวลาสั้น ๆ เพียง 4 ปี ย่อมมีความเสี่ยงที่จะเกิดผลกระทบทางเศรษฐกิจอย่างรุนแรง อาทิ อัตราเงินเฟ้อสูงขึ้นจากปัจจัยเสี่ยงด้านราคาน้ำมันที่สูงขึ้น และการยกเลิกการอุดหนุนราคาน้ำมันดีเซลในอนาคต  รวมทั้งเงินเฟ้อที่เกิดจากการใช้จ่ายของโครงการนี้ ซึ่งจะเพิ่มขึ้นในแต่ละปี 2% จากอัตราเงินเฟ้อปกติ รวมแล้วคาดว่าเงินเฟ้อมีโอกาสสูงถึง 4.6-5.5% ส่งผลกระทบต่อกลุ่มคนที่มีรายได้ประจำ เช่น พนักงานบริษัท ผู้ใช้แรงงาน รับจ้าง ซึ่งมักเป็นกลุ่มที่มีรายได้น้อย และกลุ่มที่ต้องพึ่งเงินจากเงินฝาก เช่น กลุ่มคนชรา ผู้เกษียณอายุมากกว่ากลุ่มอื่น ๆ