การวางแผนเพื่อปรับปรุงการบริหารจัดการให้มีประสิทธิภาพดังแนวทางที่อดีตเลขาธิการ สกอ. เสนอ แม้มาจากความหวังดีต่อการอุดมศึกษาและระบบการศึกษา หากแต่ที่ผ่านมาในทางปฏิบัติพบปัญหาคือ การใช้เวลากว่า 6 ปีในการจัดโครงสร้างกระทรวง ทำให้การปฏิรูปการศึกษาเกิดสุญญากาศ เกิดความไม่ชัดเจนในแง่นโยบายและการนำนโยบายไปสู่ภาคปฏิบัติ ส่งผลต่อการพัฒนาคุณภาพการศึกษาในภาพรวมเกิดความล่าช้า

ทั้งในส่วนของการอุดมศึกษาเองประสบปัญหาสภาพความเป็นอิสระของมหาวิทยาลัยที่ปราศจากกลไกในการควบคุมทิศทางการจัดการอุดมศึกษาทั้งระบบ ทำให้การลงทุนระดับอุดมศึกษาเกิดการสูญเปล่า ไม่คุ้มค่า ขาดประสิทธิภาพในการบริหารจัดการและจัดสรรทรัพยากร ส่งผลต่อการผลิตบัณฑิตที่ไม่สอดคล้องกับความต้องการของตลาดแรงงาน

ดังนั้น หากต้องการให้การปรับโครงสร้างใหม่ประสบความสำเร็จ ควรปรับเปลี่ยนแนวทางการดำเนินการใหม่ ที่เอื้อต่อการพัฒนาคุณภาพการศึกษาอย่างแท้จริง อาทิ

การวางวิสัยทัศน์อุดมศึกษาแห่งชาติ คือ การจัดตั้งกระทรวงใหม่ ควรให้เป็นกระทรวงที่ทำหน้าที่วางวิสัยทัศน์ และกำหนดยุทธศาสตร์อุดมศึกษาแห่งชาติด้วย ให้เป็นองค์กรหลักในการวางนโยบาย วิสัยทัศน์ ที่เอื้อต่อการพัฒนาอุดมศึกษาไทยให้มีคุณภาพทัดเทียมกับสากล เป็นองค์กรที่มีพลังผลักดันให้มีการพัฒนา และผลิตกำลังคน สร้างสรรค์องค์ความรู้ได้เป็นอิสระมากขึ้น

การผลักดันให้มหาวิทยาลัย แสวงหา และพัฒนาตามเอกลักษณ์ของตน โดยกำหนดให้มีการค้นหาความเชี่ยวชาญของตนเอง และพัฒนาหลักสูตรที่สอดคล้องกับความเชี่ยวชาญนั้น ๆ ซึ่งเป็นการทุ่มทรัพยากรที่มีอยู่เพื่อทำสิ่งที่เกิดประโยชน์สูงสุดต่อประเทศภาพรวม และสามารถอยู่รอดได้ท่ามกลางการแข่งขันที่รุนแรงมากขึ้น

การปฏิรูประบบการจัดสรรงบประมาณ โดยกำหนดกลไกการพิจารณางบประมาณที่สะท้อนต้นทุนอย่างละเอียดเฉพาะเจาะจงอย่างมีหลักเกณฑ์ที่ชอบด้วยเหตุผล เพื่อให้สามารถกำหนดการผลิตกำลังคนและองค์ความรู้ได้ตามเป้าหมาย และลดการผลิตส่วนเกินได้

การจัดอันดับการแข่งขันของมหาวิทยาลัย โดยมีการกำหนดตัวชี้วัดและค่าถ่วงน้ำหนักในแต่ละกลุ่มเปรียบเทียบที่ชัดเจนเป็นที่ยอมรับจากประชาคมทุกมหาวิทยาลัย เพื่อนำไปสู่การพัฒนาคุณภาพ และสร้างบรรยากาศแข่งขัน และสะท้อนประสิทธิภาพ และประสิทธิผลในการดำเนินการของมหาวิทยาลัยแต่ละแห่งได้ชัดเจนขึ้น